Primo museo pubblico di Milano, aperto nella centralissima piazza San Sepolcro, per volere del cardinale Federico Borromeo nel 1618.
L’istituzione, a cui viene affiancata l’Accademia di pittura e scultura, aveva lo scopo di assicurare una formazione culturale gratuita a coloro che dimostravano di possedere spiccate qualità. Fu lo stesso cardinale Borromeo a donare l’intera sua collezione alla Pinacoteca, costituendone così il primo prezioso nucleo, arricchito nei secoli successivi da lasciti e donazioni che si vennero a accostare al ricchissimo patrimonio di volumi e manoscritti della prestigiosa Biblioteca Ambrosiana.
Tra i capolavori ospitati nella Quadreria si ricordano: il Cartone della Scuola di Atene di Raffaello, la Madonna del Padiglione di Botticelli, la Canestra di Frutta di Caravaggio, il Musico di Leonardo da Vinci, la Madonna in tronotra S. Michele e S. Ambrogio di Bramantino, l’Adorazione dei Magi di Tiziano ed i fogli manoscritti del Codice Atlantico di Leonardo da Vinci.