Venne fondata nel XII secolo da san Bernardo da Chiaravalle come filiazione dell’Abbazia di Cîteaux, in Francia. San Bernardo giunse a Milano attorno al 1134, e a seguito della sua sapiente predicazione, grazie al dono di terreni incolti ceduti da nobili milanesi, avviò l’opera di costruzione dell’abbazia.
La chiesa venne consacrata nel 1221 e costituisce uno dei primi esempi di architettura gotica in Italia. In seguito, nel XIV secolo, venne realizzato il tiburio la torre nolare, detta Ciribiciaccola forse per il verso dei piccoli delle cicogne che nidificano tra le sue colonnine, ed il refettorio.
Sotto il tiburio si osservano opere importanti di pittura trecentesca, con le storie delle Vergine, attribuibili agli allievi di Giotto.
Superati gli anni del rigore che non voleva fossero dipinte le pareti della Chiesa, a partire dal XV fino XVII sec. si sviluppò un’ intensa campagna di abbellimento con dipinti di Bramante, il cui Cristo alla colonna oggi è conservato presso la Pinacoteca di Brera; di Bernardino Luini, la cui Madonna della buonanotte posta al termine della scalinata che collega la chiesa alle cellule dei monaci sembra saltarli prima del riposo notturo; dei Fiammenghini, con il vasto repertorio delle storie dell’ordine sulle pareti laterali e in controfacciata e di Callisto Piazza, nel chiostro.
Sorprendente infine il coro ligneo intagliato, opera di Carlo Garavaglia 1640-1645, che rispettando la regola dell’ordine cistercense trova la sua collocazione davanti all’altare e non dietro dove viene collocato solitamente.